จากพระราชดำรัสของพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ที่พระราชทานไว้เกี่ยวกับการบำบัดน้ำเสียในกรุงเทพมหานคร โดยฟอกน้ำเสียให้เป็นน้ำดี หลังจากนั้นเป็นต้นมา พื้นที่บึงพระราม 9 ก็ได้รับการพัฒนาขึ้น เป็นตัวอย่างในการแก้ไขปัญหาน้ำเสียให้แก่กรุงเทพมหานคร เป็นการพัฒนาและยกระดับคุณภาพชีวิตของราษฎรในบริเวณพื้นที่ดังกล่าวให้ดีขึ้น

โครงการบึงพระราม 9 จึงได้กำเนิดขึ้น โดยมีการดำเนินงานบำบัดน้ำเสียในพื้นที่ของสำนักงานทรัพย์สินพระมหากษัตริย์ ติดกับคลองลาดพร้าวฝั่งทิศตะวันตก และติดกับคลองแสนแสบฝั่งทิศใต้ มีพื้นที่ประมาณ 130 ไร่ เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่เดือนมีนาคม พ.ศ. 2531 มีหน่วยงานที่เกี่ยวข้องคือ สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ กรมชลประทาน สำนักงานทรัพย์สินพระมหากษัตริย์ และกรุงเทพมหานคร ร่วมกันดำเนินงานในการเพิ่มประสิทธิภาพการบำบัดน้ำเสียที่บึงพระราม 9 ให้มีคุณภาพดีขึ้น เพื่อลดปัญหาน้ำเสียและเป็นการระบายน้ำอีกทางหนึ่ง ส่งผลให้สภาพแวดล้อมและคุณภาพชีวิตของชุมชนบึงพระราม 9 ดีขึ้นมาจนถึงปัจจุบัน